Wie nu nog een priesterlijk graf wil opzoeken zal niets meer vinden. De oudste graven dateren uit de negentiende en twintigste eeuw. Toch is er nog één fraai versierde zerk uit 1541. Daaronder ligt Jan Mulert begraven, een adellijke buurman, die op het landgoed de Kranenburg woonde, en wiens familie altijd een innige band had met de kloosterlingen. Ook na 1477 werd er nog steeds begraven in en om het klooster. Maar rond 1580 wordt het klooster opgeheven en in 1581 begint men met de afbraak. De kloostermoppen werden stuk voor stuk afgevoerd naar de stad Zwolle om de vestingwerken te verstevigen want de tijden waren onzeker geworden vanwege de Reformatie en de Tachtigjarige oorlog.
Wat overbleef was de begraafplaats waarover de buurtbewoners zich ontfermden, zij begroeven er immers al lange tijd hun doden. Van de tijd na 1581 is géén registratie van begrafenissen bekend. Af en toe duikt er een bekende Zwollenaar op die in die periode op Bergklooster begraven is ( meester Bartjens 1638). Vanaf 1683 wordt er, verplicht door het stadsbestuur, een grafregister bijgehouden. Het gaat dan vooral om de baten, de data en de overledenen die lang niet altijd met name genoemd worden maar aangeduid zijn als bijvoorbeeld een man uit Dieze; een wijk in Zwolle. Buurtbewoners wonende in één van de vijf omliggende buurtschappen kregen een gratis graf. Diegenen die van buiten de buurtschappen kwamen en uit de stad Zwolle, moesten een bijdrage leveren en zelf voor een doodgraver zorgen.
In de 17 e, 18 e en 19 e eeuw werden nog regelmatig katholieken begraven, totdat zij eind 19 e eeuw een eigen begraafplaats kregen. Verschillende dominees beklaagden zich over de paapse praktijken op Bergklooster maar de protestants gezinde buurtbewoners werden geprezen om hun tolerantie. Verder trok de begraafplaats vooral protestant Zwolle. De oudste grafregisters bevinden zich momenteel in het gemeente archief en bestrijken de periode vanaf 1683 tot 1825. In een van de boeken wordt melding gemaakt van de aanschaf van een luiklok (1756) die nog steeds de doden uitluidt tot aan het graf. De registers van de periode daarna bevindt zich in het archief van Bergklooster. Vanaf ongeveer 1825 staan er nog grafmonumenten op de begraafplaats met uitzondering van de zerk van Jan Mulert (1540). Oude zandstenen bouwfragmenten die de slopers van het klooster hebben laten liggen, dienden als grafsteentjes. Een stuk van zo’n steen werd dan vlak geschuurd waarin vervolgens de initialen van de overledene werden gekrast. Enkele van die bouwfragment, hergebruikt als grafpaaltjes, worden nu bewaard in het museumschuurtje op de begraafplaats samen met andere bouwfragmenten die gevonden werden tijdens het delven van graven.
Door onderzoek in oude schriftelijke bronnen en veldwerk is ongeveer bekend waar het klooster op de begraafplaats heeft gestaan. In 1998, het jubileumjaar, is er nog een restant van een fundering gevonden aan de oostkant. De fundering is nu bedekt met een oude zerk met daarop een zuil en een kopie van het hoofd van Thomas a Kempis uit het in 1965 afgebroken wandgraf in de toenmalige, Neogotische Sint Michael Kerk in het centrum van Zwolle. Bij de zijingang staat een informatiebord over het klooster.