De protestantse adel in de toenmalige gemeente Zwollerkerspel bewoonde buitenhuizen, en liet op Bergklooster een familiekelder bouwen. Bekende namen als Van Haersolte, Vos van Steenwijk, Van der Wijck, Sichterman, Van Rechteren Van Appeltern, Van Dedem, Van Namen van Eemnes zijn te lezen op de zerken die de toegangen van de kelders afdekken.
Twee grafkelders van de zonen van Rijnvis Feith zijn rond het midden van de 19e eeuw in gebruik genomen. Eén van de kelders, van het kinderloos echtpaar Pieter Rutger Feith en Ariana Maria Feith-Tendall, werd tijdens de Tweede Wereldoorlog ontruimd om tijdens razzia’s van de bezetter voor de jonge mannen uit de buurt als schuilkelder te dienen. Tijdens excursies is deze kelder te bezichtigen. Op de zerk die de kelder afsluit staat het volgende gedicht gehakt: - Zie ons gezonken in ’t graf! - Red, ons verlosser de menschen! - Polsslag en adem staan stil - Donker is alles in ’t rond – Heiland omlaag in het stof! – Heiland omhoog in de Hemel - Rijk ons meedoogend Uw hand – Breng ons vereenigd bij God.
Twee andere opvallende grafmonumenten liggen op het tweede gedeelte. Onder een grote zerk met een marmeren bijbel rust dominee Vermeer. Hij is gestorven in het jaar 1904. Zijn preken in de Grote kerk trokken veel kerkgangers. Iets verderop ligt de tombe van W. A. Elberts, overleden in 1903. Hij was historicus en onderwees velen in de vaderlandse geschiedenis uit eigen geschreven werk. Elberts beschreef ook de geschiedenis van Zwolle in zijn 'Historische wandelingen in en om Zwolle'. Dit boekje is een belangrijke bron geweest voor de bepaling van de locatie van het Sint Agnietenklooster op Bergklooster.
Door de vele oude Zwolse families die op Bergklooster begraven liggen, heeft deze plek een belangrijke cultuurhistorische archief functie. Tijdens de Tweede Wereldoorlog in de nacht van 17 december 1942 is een vliegtuig (lancaster) neergeschoten in Haerst, aan de overkant van de vecht. Vier van de zeven bemanningsleden hebben het niet overleefd en zijn begraven op Bergklooster. In 1995, in het kader van zestig jaar herdenken, kwam de heer Mitchell, één van de overlevenden, zijn mede-bemanningsleden gedenken.